Как разрезать mkv файл без перекодирования

     Скачиваем бесплатный MKVtoolnix и запускаем mkvmerge
Открываем mkv файл нажав кнопку add, попутно можно убрать ненужные звуковые дорожки - начинаются с буквы А (в примере - A_AAC) и субтитры - в примере S_TEXT.

Переходим на вкладку Global, ставим галочку Enable splitting... и выбираем ...after timecodes
Теперь указываем через запятую в формате часы:минуты:секунды точки в которых видео будет разделено.
Например нужен кусок видео с десятой секунды по первую минуту, тогда пишем в строку 00:00:10,00:01:00 и жмем кнопку Start muxing
Рядом с исходником появится три файла
1) от начала - до десятой секунды
2) с десятой секунды - до первой минуты (нужный нам)
3) с первой минуты - до конца
К сожалению вырезать только нужный фрагмент невозможно.